Den som någon gång har flugit över Östersjön under en flygresa har sett att allt inte står rätt till med detta innanhav. Östersjön är mer utsatt än många andra hav, då tillrinningsområdet är stort och det enda utloppet är Öresund. En i sammanhanget mindre mängd vatten förs också bort av floderna.

Näringsläckage från jordbruket gör att kväve och fosfor från bl.a. Skåne, Östergötland och Gotland läcker ut i Östersjön, där det får algerna, alltså organismer som inte är växter men använder fotosyntes, att växa till sig. När algerna får detta tillskott av näring växer de till sig kraftigt, och tränger ut många andra former av liv. När algerna sedan dött och sjunker till botten bildar näring för förruttnelsebakterier, som förbrukar syret. Detta leder till att fiskarna dör av syrebrist, och gifter kan även uppstå på olika sätt. Förändringar i bottenslammet när ekosystemet förändras kan leda till giftutsöndring, och en del arter av alger kan även utsöndra gifter.

I Polen och Ryssland byggs djurhållningsindustrin ut kraftigt, till följd av den ökade efterfrågan på kött. Den gödsel som köttdjuren producerar tas inte till vara för att användas i jordbruket, utan rinner många gånger rakt ut i Östersjön. Detta är ytterligare en anledning till den ökade algblomningen.